Die HKM Tübingen ist eng vernetzt und kooperiert bei diversen Projekten und Veranstaltungen mit folgenden Partnereinrichtungen:
Amt für Kirchenmusik
Arbeitsstelle musikplus
Collegium musicum der Uni Tübingen
HfK Heidelberg
HfK Rottenburg
Posaunenwerk
Stiftskirche Tübingen
Stift Tübingen
Uni Tübingen
Verband Ev. Kirchenmusik
Vielklang-Festival Tübingen